NetActivity

DOI:10.18129 / B9.bioc.NetActivity

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NetActivity。

计算基因集分数从深度学习框架

Bioconductor版本:3.16

#“NetActivity使计算基因集分数从之前训练的稀疏autoencoders。包包含一个函数准备数据(“prepareSummarizedExperiment”)和一个函数来计算基因集分数(“computeGeneSetScores”)。包的NetActivityData包含不同pre-trained模型直接应用于数据。另外,用户可能使用包计算基因组分数使用自定义模型。

作者:卡洛斯Ruiz-Arenas (aut (cre)

维护人员:卡洛斯Ruiz-Arenas < carlos.ruiza upf.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NetActivity”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“NetActivity”)

HTML	R脚本	基因与NetActivity组分数计算
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FunctionalGenomics,去,GeneExpression,微阵列,通路,RNASeq,软件,转录
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	气道,DelayedArray,DelayedMatrixStats,DESeq2、方法、方法NetActivityData,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi,BiocStyle,Fletcher2013aknitr,org.Hs.eg.db、rmarkdown testthat (> = 3.0.0), tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NetActivity_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	NetActivity_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	NetActivity_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64)	NetActivity_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetActivity
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NetActivity
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NetActivity/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NetActivity/
包下载报告	下载数据