MutationalPatterns

DOI:10.18129 / B9.bioc.MutationalPatterns

综合全基因组突变的分析过程

Bioconductor版本:版本(3.16)

留下特点的足印在基因组DNA突变过程。这个包提供了一组全面的灵活的功能,允许研究人员轻松地评估和可视化多种突变碱基替换目录中的模式如健康的样本,肿瘤样本,或细胞dna修复缺陷。包包括一个广泛的模式包括:突变签名,转录和复制链偏差,病变隔离,与基因组功能基因分布和协会,学习,集体意义的突变过程的活动。包与单核苷酸变异(SNVs),插入和删除(Indels),双基地替换(dbs)和更大的多基地替换(mbs)。包提供功能提取突变签名新创和确定之前确定突变特征的贡献在单个样品的水平。MutationalPatterns与常见的R基因分析工作流集成,允许容易与(公开)注释数据关联。

作者:Freek曼德(aut),弗朗西斯Blokzijl (aut),Roel詹森(aut)Jurrian·德·坎特(施),Rurika奥卡河(施)Mark van Roosmalen (cre),鲁本·波斯特(aut (cph),埃德温Cuppen (aut)

维护人员:马克van Roosmalen < M.J.在prinsesmaximacentrum.nl vanRoosmalen-3 >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MutationalPatterns”)

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HTML	R脚本	介绍MutationalPatterns
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文本		许可证

细节

biocViews	遗传学,软件,SomaticMutation
版本	3.8.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0),GenomicRanges(> = 1.24.0),NMF(> = 0.20.6)
进口	统计数据,S4Vectors,BiocGenerics(> = 0.18.0),BSgenome(> = 1.40.0),VariantAnnotation(> = 1.18.1),dplyr(> = 0.8.3),宠物猫(> = 2.1.3),purrr(> = 0.3.2),tidyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.4.0),magrittr(> = 1.5),ggplot2(> =魅惑,pracma(> = 1.8.8),IRanges(> = 2.6.0),GenomeInfoDb(> = 1.12.0),Biostrings(> = 2.40.0),ggdendro-20年(> = 0.1),cowplot(> = 0.9.2),ggalluvial(> = 0.12.2),RColorBrewer、方法
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.4.0),BiocStyle(> = 2.0.3),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2)biomaRt(> = 2.28.0),gridExtra(> = 2.2.1),rtracklayer(> = 1.32.2),ccfindR(> = 1.6.0),GenomicFeatures,AnnotationDbi,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/doi: 10.1186 / s12864 - 022 - 08357 - 3
取决于我
进口我
建议我	追求者
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MutationalPatterns_3.8.0.tar.gz
Windows二进制	MutationalPatterns_3.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MutationalPatterns_3.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MutationalPatterns_3.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MutationalPatterns
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MutationalPatterns
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MutationalPatterns/
包下载报告	下载数据