MultiAssayExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.MultiAssayExperiment

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MultiAssayExperiment。

软件的集成在Bioconductor multi-omics实验

Bioconductor版本:3.16

MultiAssayExperiment协调管理多个实验化验的数据上执行一组重叠的标本。它提供了一个熟悉的Bioconductor用户体验从SummarizedExperiment通过扩展概念,支持开放式的标准数据类个人化验,并允许通过基因组范围或rownames构造子集。设施提供重塑数据适应性的长与宽格式图形和下游分析。

作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre)利未,沃尔德伦(aut) MultiAssay团体(施)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MultiAssayExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MultiAssayExperiment”)

HTML	R脚本	协调Multi-Assay实验分析
HTML	R脚本	HDF5Array和MultiAssayExperiment
PDF		MultiAssayExperiment_cheatsheet.pdf
HTML	R脚本	快速启动指南
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		MultiAssayExperiment演示
视频		马塞尔·拉莫斯,车间200:MultiAssayExperiment curatedTCGAData Bioconductor 2020车间

细节

biocViews	DataRepresentation,基础设施,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0),SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口	方法,GenomicRanges(> = 1.25.93),BiocBaseUtils,BiocGenerics,DelayedArray,S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges,Biobase、统计、tidyr跑龙套
链接
建议	BiocStyle,HDF5Array(> = 1.19.17)、knitrmaftools(> = 2.7.10)、rmarkdown R.rsp,RaggedExperiment生存,UpSetR survminer testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://waldronlab.io/MultiAssayExperiment/
BugReports	https://github.com/waldronlab/MultiAssayExperiment/issues
取决于我	篮球选手,cBioPortalData,ClassifyR,curatedTCGAData,evaluomeR,glmSparseNet,hipathia,InTAD,米娅,microbiomeDataSets,midasHLA,missRows,OMICsPCAdata,QFeatures,SingleCellMultiModal,terraTCGAdata,TimiRGeN
进口我	AffiXcan,意大利苦杏酒,微生物,自治,biosigner,CoreGx,科拉尔,curatedTBData,埃尔默,FindIT2,火焰,还装有,爱马仕,HMP2Data,LinkHD,metabolomicsWorkbenchR,现代艺术博物馆,msqrob2,MuData,MultiBaC,netDx,OMICsPCA,omicsPrint,莲花,PDATK,PharmacoGx,phenomis,ropls,scp,scPipe,TCGAutils,vsclust,xcore
建议我	BiocOncoTK,brgedata,CNVRanger,德科,maftools,MOFA2,MOFAdata,MultiDataSet,RaggedExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MultiAssayExperiment_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	MultiAssayExperiment_1.24.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	MultiAssayExperiment_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MultiAssayExperiment_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MultiAssayExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MultiAssayExperiment
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MultiAssayExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MultiAssayExperiment/
包下载报告	下载数据