MethReg

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethReg

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MethReg。

评估潜在的监管在基因转录DNA甲基化区域或网站

Bioconductor版本:3.16

Epigenome-wide协会研究(ewa)检测大量的DNA甲基化差异,往往差异甲基化区域和成千上万的论文认定,与疾病密切相关,许多位于非编码区域。因此,有一个关键需要更好地了解这些CpG甲基化的功能的影响,进一步优化重大改变。MethReg R包综合建模的DNA甲基化,目标基因表达和转录因子结合位点数据,系统地识别和排序功能CpG甲基化。MethReg评估,重视监管潜力高和注释CpG网站的使用与甲基化和基因表达数据,以及外部TF-target交互数据库基于手工管理,ChIP-seq实验或基因调控网络分析。

作者:蒂亚戈席尔瓦(aut (cre)王,莉莉(aut)

维护人员:蒂亚戈席尔瓦在gmail.com < tiagochst >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MethReg”)

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文档

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HTML	R脚本	MethReg:评估监管DNA甲基化在基因转录的潜力
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细节

biocViews	表观遗传学,GeneExpression,GeneTarget,MethylationArray,回归,软件,转录
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	dplyr plyr,GenomicRanges,SummarizedExperiment,DelayedArraytidyr ggplot2 ggpubr,宠物猫,S4Vectors,sesameData,芝麻,AnnotationHub,ExperimentHub,readr stringr方法、统计、矩阵、质量,rlang, pscl,IRangessfsmisc,进步,跑龙套
链接
建议	rmarkdown,BiocStyletestthat(> =魅惑,并行下载,R。跑龙套,doParallel reshape2,JASPAR2022,TFBSTools,motifmatchrmatrixStats,biomaRt,多萝西娅,毒蛇,经验丰富的人,BiocFileCachejpeg、png、htmltools knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/TransBioInfoLab/MethReg/issues/
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MethReg_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	MethReg_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MethReg_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MethReg_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethReg
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MethReg
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MethReg/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethReg/
包下载报告	下载数据