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MethCP
DOI:10.18129 / B9.bioc.MethCP
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MethCP。
差异甲基化anlsysis重亚硫酸盐测序数据
Bioconductor版本:3.16
MethCP是一个差异甲基化区域(DMR)检测全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)数据的方法,它适用于大范围的实验设计超出了两群比较,时间进程等数据。MethCP标识dmr基于变化点检测,这自然基因组片段并提供区域层次上微分分析。
作者:男孩锣(aut (cre)
维护人员:男孩龚< jorothy_gong berkeley.edu >
从内部引用(R,回车引用(“MethCP”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MethCP”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“MethCP”)
| HTML | R脚本 | methcp:用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialMethylation,测序,软件,TimeCourse,WholeGenome |
| 版本 | 1.11.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.6.0) |
| 进口 | 方法,跑龙套,统计数据,S4Vectors,bsseq,DSS,methylKit,DNAcopy,GenomicRanges,IRanges,GenomeInfoDb,BiocParallel |
| 链接 | |
| 建议 | testthat、knitr rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/boyinggong/methcp/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | MethCP_1.11.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MethCP_1.11.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | MethCP_1.11.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | MethCP_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethCP |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MethCP |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/MethCP/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MethCP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
