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Maaslin2
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DOI:10.18129 / B9.bioc.Maaslin2
人口规模元组学研究中的多变量关联发现
Bioconductor版本:发行版(3.16)
MaAsLin2是一个综合的R包，可以有效地确定临床元数据和微生物元组特征之间的多变量关联。MaAsLin2依赖于一般线性模型来适应大多数现代流行病学研究设计，包括横断面和纵向，并提供了各种数据探索、归一化和转换方法。MaAsLin2是MaAsLin的下一代。
作者:Himel Mallick [aut]， Ali Rahnavard [aut]， Lauren McIver [aut, cre]
维护者:Lauren McIver < Lauren .j。McIver在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“Maaslin2”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“Maaslin2”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | MaAsLin2 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 宏基因组，微生物组，归一化，软件 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.10 (R-3.6)(3.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.6) |
| 进口 | robustbase，biglm，pcaPP，刨边机，metagenomeSeq，lpsymphony，pbapply，车，dplyr，素食主义者，化学计量学，ggplot2，pheatmap，日志记录，data.table，lmerTest，哈希，optparse， grDevices, stats, utils，glmmTMB，质量，cplm，pscl，lme4 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，testthat(> =魅惑,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://huttenhower.sph.harvard.edu/maaslin2 |
| BugReports | https://github.com/biobakery/maaslin2/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | Macarron，MMUPHin |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | Maaslin2_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Maaslin2_1.12.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | Maaslin2_1.12.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | Maaslin2_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Maaslin2 |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Maaslin2 |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/Maaslin2/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Maaslin2/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
