MADSEQ

DOI:10.18129 / B9.bioc.MADSEQ

这是发展MADSEQ版本;稳定的发布版本,请参阅MADSEQ。

马赛克异倍性检测和量化使用大规模并行测序数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

MADSEQ包提供了一组分层Bayeisan模型检测的马赛克非整倍性,推理类型的非整倍体和非整倍体的量化分数的细胞样本。

作者:于香港,亚当Auton约翰·默里Greally

维护人员:于香港<玉。香港在phd.einstein.yu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MADSEQ”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	R包MADSEQ
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文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,CopyNumberVariation,报道,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,VariantDetection
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0),rjags(> = 4.6)
进口	VGAM,coda,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,S4Vectors、方法、preprocessCore,GenomicAlignments,Rsamtools,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,VariantAnnotation,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,rtracklayer、图表、数据、grDevices跑龙套,zlibbioc,vcfR
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ykong2/MADSEQ
BugReports	https://github.com/ykong2/MADSEQ/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MADSEQ_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	MADSEQ_1.23.0.zip
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MADSEQ
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MADSEQ
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MADSEQ/
包下载报告	下载数据