GBScleanR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GBScleanR

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GBScleanR。

纠错工具嘈杂的基因分型结果进行排序(GBS)数据

Bioconductor版本:3.16

GBScleanR是质量检查,包过滤和纠错的基因型数据来源于下一代sequcener(上天)基因分型结果的基础平台。GBScleanR需要变量调用格式(VCF)文件作为输入。这个包的主要功能是“estGeno()的估计样本给读计数的真实基因型基因型标记使用隐马尔科夫模型结合观察等位基因的比例不均。这个实现了强劲的基因型估计即使在嘈杂的基因型数据通常观察到Genotyping-By-Sequnencing (GBS)和类似的方法,例如RADseq。当前实现接受基因型数据的二倍体种群在任何一代multi-parental十字架,例如从内在的父母双亲F2,从远的父母双亲F2, 8路重组自交系(8路瑞来斯),可以提到魔法人口。

作者:Tomoyuki Furuta (aut (cre)

维护人员:Tomoyuki Furuta < f。tomoyuki在okayama-u.ac.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GBScleanR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GBScleanR”)

HTML	R脚本	BasicUsageOfGBScleanR.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneticVariability,遗传学,HiddenMarkovModel,质量控制,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.2.14
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	SeqArray
进口	跑龙套,统计方法、ggplot2 tidyr, expm, Rcpp, RcppParallel,gdsfmt
链接	Rcpp, RcppParallel
建议	BiocStyletestthat (> = 3.0.0)、knitr rmarkdown
SystemRequirements	GNU, c++ 11
增强了
URL	https://github.com/tomoyukif/GBScleanR
BugReports	https://github.com/tomoyukif/GBScleanR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GBScleanR_1.2.14.tar.gz
Windows二进制	GBScleanR_1.2.9.zip
macOS二进制(x86_64)	GBScleanR_1.2.14.tgz
macOS二进制(arm64)	GBScleanR_1.2.14.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GBScleanR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GBScleanR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GBScleanR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GBScleanR/
包下载报告	下载数据