弗雷泽

DOI:10.18129 / B9.bioc.FRASER

这是发展弗雷泽的版本;稳定的发布版本,请参阅弗雷泽

发现罕见RNA-Seq剪接事件数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

转录组检测罕见的异常剪接事件概要文件。阅读数比预期autoencoder建模的控制混杂因素的数据。鉴于这些期望,比率假定遵循beta-binomial连接特定的分散分布。例外事件被确定为read-count比率显著偏离这个分布。弗雷泽能够检测可变剪接,而且基因内区保留。计划旨在支持诊断领域的罕见疾病,RNA-seq执行识别异常剪接缺陷。

作者:基督教莫特(aut (cre),伊内斯Scheller (aut),韦森特Yepez[所有],朱利安Gagneur (aut)

维护人员:基督教莫特<莫特在in.tum.de >

从内部引用(R,回车引用(FRASER)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(FRASER)

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文档

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PDF R脚本 弗雷泽:寻找罕见的拼接在RNA-seq均等的数据
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews AlternativeSplicing,报道,遗传学,RNASeq,测序,软件
版本 1.9.1
Bioconductor自 BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 BiocParallel,data.table,Rsamtools,SummarizedExperiment
进口 AnnotationDbi,BBmisc,Biobase,BiocGenerics,biomaRt,BSgenome,cowplot,DelayedArray(> = 0.5.11),DelayedMatrixStats,extraDistr,泛型,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRangesgrDevices,ggplot2,ggrepel,HDF5Array,matrixStats、方法、先驱者,pcaMethods,pheatmap,情节,PRROC,RColorBrewer,rhdf5,Rsubread,R.utils,S4Vectors统计数据,宠物猫、工具、跑龙套VGAM
链接 Rcpp,RcppArmadillo
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,covr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/gagneurlab/FRASER
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包档案

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源包 FRASER_1.9.1.tar.gz
Windows二进制 FRASER_1.9.1.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉) FRASER_1.9.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FRASER
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/弗雷泽
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/FRASER/
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