火焰

DOI:10.18129 / B9.bioc.FLAMES

火焰:长读取RNA-seq数据中突变和剪接的全长分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

来自批量和单细胞长读取RNA-seq数据的半监督式异构体检测和注释。flame提供了分析异构体的自动化管道，以及手动执行的中间功能。

作者:田鲁一[aut]， Voogd Oliver [aut, cre]， Schuster Jakob [aut]，王长庆[aut]，苏世安[aut]， Ritchie Matthew [ctb]

维护者:Voogd Oliver < Voogd。O在wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“火焰”)

超文本标记语言	R脚本	火焰
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文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DataImport，DifferentialSplicing，GeneExpression，RNASeq，SingleCell，软件，转录组
版本	1.4.1
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于
进口	蛇怪，网状，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，MultiAssayExperiment，Rsamtools跑龙套,zlibbioc，嘘，dplyr，tidyr，magrittr，S4Vectors，天窗统计数据,rtracklayer，igraph，ggbio，GenomicRanges，矩阵，BiocGenerics，ggplot2，食物，ComplexHeatmap，RColorBrewer，circlize、网格gridExtra，cowplot，stringr，bambu，GenomeInfoDb，withr，Biostrings，GenomicFeatures，jsonlite平行,DropletUtils
链接	Rcpp，Rhtslib，zlibbioc
建议	BiocStyle，GEOquery，knitr，rmarkdown，减价，BiocFileCache，R.utils，ShortRead，uwot，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	GNU制作，c++ 11
增强了
URL	https://github.com/OliverVoogd/FLAMES
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	FLAMES_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	FLAMES_1.3.4.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	FLAMES_1.4.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FLAMES
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FLAMES
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FLAMES/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档