Epicompare
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doi：10.18129/b9.bioc.epicompare
这是发展Epicompare的版本；对于稳定版本，请参阅Epicompare。
表观遗传数据集的比较，基准测试和QC
生物导体版本：开发（3.16）
Epicompare用于比较和分析表观遗传数据集，以进行质量控制和基准测试。该软件包输出了由三个部分组成的HTML报告：（1。一般指标）峰值的指标（黑名单和非标准峰的百分比，峰值宽度）以及样本的片段（重复率），（2。峰重叠）百分比重叠和非重叠峰的统计显着性。还包括峰值的障碍图和（3.功能注释）功能注释（Chromhmm，Chipseeker和富集分析）。还包括TSS周围的峰值富集。
作者：Sera Choi [AUT，CRE]
，Brian Schilder [AUT]，艾伦·墨菲[aut]，内森·斯凯恩[aut]
维护者：gmail.com上的Sera Choi
引用（从r内，输入引用（“ Epicompare”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ epicompare”）的用法
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Epicompare”）
| html | R脚本 | Epicompare |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | Atacseq，，，，chipseq，，，，DNASESEQ，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，遗传学，，，，多重组合，，，，QualityControl，，，，软件 |
| 版本 | 1.1.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 4.1.0） |
| 进口 | 基因组机，，，，基因组化，，，，iranges，，，，RESHAPE2，，，，GGPLOT2，，，，Chipseeker，，，，Brgenomics，，，，clusterProfiler，，，，情节，，，，Stringr，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，insctr，，，，rmarkDown，，，，rtracklayer，，，，AnnotationHub，utils，统计，方法，org.hs.eg.db，，，，S4VECTORS，，，，马格里特，，，，plyranges |
| 链接 | |
| 建议 | 测试（> = 3.0.0），獾，，，，尼特，，，，htmlwidgets，，，，生物使用，，，，Data.Table，，，，生物比较，，，，Biocfilecache，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/neurogenomics/epicompare |
| BugReports | https://github.com/neurogenomics/epicompare/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Epicompare_1.1.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Epicompare_1.1.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | Epicompare_1.1.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epicompare |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/Epicompare |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/epicompare/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
