DNABarcodeCompatibility

DOI:10.18129 / B9.bioc.DNABarcodeCompatibility

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DNABarcodeCompatibility。

优化的工具组合的DNA条形码用于多路复用下一代测序实验平台

Bioconductor版本:3.16

包允许一个获得优化的组合DNA条形码用于多路复用测序。在每个结合条形码,条形码是汇集关于Illumina公司化学约束。可以筛选组合以保持那些健壮的替换和插入/删除错误从而促进多路分解步骤。此外,包提供了一种优化器函数,进一步支持条形码组合的选择至少异质性条码使用。

作者:席琳Trebeau (cre)雅克·Boutet de Monvel (aut),也是黄君泰(施),拉斐尔Etournay (aut)

维护人员:席琳Trebeau < ctrebeau在pasteur.fr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DNABarcodeCompatibility”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DNABarcodeCompatibility”)

HTML	R脚本	介绍DNABarcodeCompatibility
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	预处理,测序,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	dplyr tidyr,数字、purrr stringr,DNABarcodes统计,跑龙套的方法
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/comoto-pasteur-fr/DNABarcodeCompatibility/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DNABarcodeCompatibility_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	DNABarcodeCompatibility_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DNABarcodeCompatibility_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DNABarcodeCompatibility_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DNABarcodeCompatibility
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DNABarcodeCompatibility
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DNABarcodeCompatibility/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DNABarcodeCompatibility/
包下载报告	下载数据