DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DMRcate。

甲基化数组和测序空间分析方法

Bioconductor版本:3.16

新创的识别和提取差异甲基化区域(dmr)使用亚硫酸氢全基因组测序人类基因组(WGBS)和Illumina公司英飞纳姆数组(450 k和史诗)数据。提供了过滤功能探针可能SNPs和cross-hybridisation抱愧蒙羞。包括农庄组织生成和绘制功能。

作者:Tim Peters

维护人员:Tim Peters < t。彼得斯在garvan.org.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DMRcate”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“DMRcate”)

PDF	R脚本	DMRcate包的用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,DataImport,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,表观遗传学,GeneExpression,遗传学,GenomeAnnotation,MethylationArray,微阵列,MultipleComparison,OneChannel,预处理,质量控制,测序,软件,TimeCourse,TwoChannel,WholeGenome
版本	2.12.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(9年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	ExperimentHub,bsseq,GenomeInfoDb,limma,刨边机,DSS,minfi,missMethyl,GenomicRangesplyr,Gviz,IRanges,统计,跑龙套,S4Vectors、方法、图形SummarizedExperiment
链接
建议	RUnit knitr,BiocGenerics,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19,FlowSorted.Blood.EPIC,tissueTreg,DMRcatedata
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	冠军,methylationArrayAnalysis
进口我
建议我	missMethyl
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DMRcate_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	DMRcate_2.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DMRcate_2.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DMRcate_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMRcate
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DMRcate/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMRcate/
包下载报告	下载数据