DEsubs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEsubs

这是发展DEsubs版本;稳定版请参见DEsubs．

DEsubs:一个R包，用于使用RNA-seq表达实验灵活识别差异表达子通路

Bioconductor版本:开发(3.16)

DEsubs是一个基于网络的系统生物学包，提取RNA-seq实验记录的通路网络中的疾病扰动子通路。它包含一个广泛的和可定制的框架，涵盖子路径分析的所有阶段的广泛操作模式，支持具体案例的方法。操作模式包括通路网络的构建和处理，子通路的提取、可视化和丰富分析，以及各种生物学和药理特征。它的功能使其成为建模者和实验人员的工具指南，用于识别复杂疾病的更强大的系统级生物标志物。

作者:Aristidis G. Vrahatis和Panos Balomenos

维护者:Aristidis G. Vrahatis ， Panos Balomenos < Balomenos at upatras.gr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DEsubs")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DEsubs”)

PDF	R脚本	DEsubs
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，KEGG，网络，NetworkEnrichment，归一化，通路，RNASeq，软件，SystemsBiology
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3)，locfit
进口	图，igraph，RBGL，circlize，limma，刨边机，EBSeq，NBPSeq，统计，grDevices，图形，pheatmap跑龙套,ggplot2，矩阵，jsonlite、工具、DESeq2、方法
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DEsubs_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	DEsubs_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DEsubs_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEsubs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEsubs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEsubs/
软件包下载报告	下载数据