DEXSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEXSeq

RNA-Seq中差异外显子使用的推断

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包的重点是使用RNA-seq外显子计数在不同实验设计的样本之间发现差异外显子使用。它提供了允许用户基于使用负二项分布估计生物重复和用于测试的广义线性模型之间方差的模型进行必要统计检验的功能。该包还提供了用于结果可视化和探索的函数。

作者:Simon Anders 和Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。Ds在gmail.com>

维护者:Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。Ds在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DEXSeq”)

超文本标记语言	R脚本	使用DEXSeq包推断RNA-Seq数据中的差异外显子使用情况
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.44.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	BiocParallel，Biobase，SummarizedExperiment，IRanges(> = 2.5.17),GenomicRanges(> = 1.23.7),DESeq2(> = 1.9.11),AnnotationDbi，RColorBrewer，S4Vectors(> = 0.23.18)
进口	BiocGenerics，biomaRt，hwriter、方法、stringr，Rsamtools，statmod，geneplotter，genefilter
链接
建议	GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE，BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	IsoformSwitchAnalyzeR，pasilla，rnaseqDTU
进口我	diffUTR，感兴趣
建议我	bambu，BioPlex，GenomicRanges，土星，经验丰富的人，subSeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DEXSeq_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	DEXSeq_1.44.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	DEXSeq_1.44.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	DEXSeq_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEXSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEXSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEXSeq/
软件包下载报告	下载数据