CytoTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.CytoTree

这是发展CytoTree版本;稳定的发布版本,请参阅CytoTree。

和大众血细胞计数数据流的工具包

Bioconductor版本:发展(3.16)

一个轨迹推理工具包质量流和血细胞计数数据。CytoTree是一个有价值的工具来构建一个使用质量流和血细胞计数数据树状轨迹。CytoTree的应用范围从聚类和降维轨迹重建和拟时间估计。它提供了完整的质量分析工作流程流和血细胞计数数据。

作者:戴个(aut (cre)

维护人员:戴个< forlynna sjtu.edu.cn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CytoTree”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays,CellBiology,聚类,FlowCytometry,网络,NetworkInference,软件,可视化
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),igraph
进口	FlowSOM,Rtsne,ggplot2,命运,gmodels,flowUtils,Biobase,矩阵,flowCore,股东价值分析,matrixStats、方法、mclust,prettydoc,RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0),BiocNeighbors,集群,pheatmap,scatterpie,umap,scatterplot3d,limma,stringr、grDevices、网格数据
链接	Rcpp
建议	BiocGenerics,knitr,RColorBrewer,rmarkdown,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttps://github.com/JhuangLab/CytoTree
BugReports	https://github.com/JhuangLab/CytoTree/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoTree
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CytoTree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CytoTree/
包下载报告	下载数据