Cepo

DOI:10.18129 / B9.bioc.Cepo

Cepo用于鉴别差异稳定基因

Bioconductor版本:发行版(3.16)

定义细胞的身份是理解细胞对各种环境信号和扰动的异质性的基础。我们提出了Cepo,一种从单细胞rna测序数据中探索细胞身份的新方法,使用差异稳定性作为定义细胞身份基因的新度量。Cepo计算与差异稳定基因表达相关的细胞类型特定基因统计数据。

作者:Hani Jieun Kim [aut, cre], Kevin Wang [aut]

维护者:Hani Jieun Kim < Hani。Kim127在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“Cepo”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“Cepo”)

超文本标记语言 R脚本 scRNA-seq数据差分稳定性分析的Cepo方法
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类DifferentialExpressionGeneExpression测序SingleCell软件
版本 1.4.0
在Bioconductor bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证 MIT +文件许可
取决于 GSEABase, r (>= 4.1)
进口 DelayedMatrixStatsDelayedArrayHDF5ArrayS4Vectors、方法、SingleCellExperimentSummarizedExperimentggplot2rlanggrDevices,拼接而成reshape2BiocParallel统计数据,dplyr
链接
建议 knitrrmarkdownBiocStyletestthatcovrUpSetRscMergefgsea逃避pheatmap拼接而成
SystemRequirements
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包档案

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源包 Cepo_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 Cepo_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) Cepo_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) Cepo_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Cepo
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Cepo
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Cepo/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Cepo/
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