Cepo

DOI:10.18129 / B9.bioc.Cepo

Cepo用于鉴别差异稳定基因

Bioconductor版本:发行版(3.16)

定义细胞的身份是理解细胞对各种环境信号和扰动的异质性的基础。我们提出了Cepo，一种从单细胞rna测序数据中探索细胞身份的新方法，使用差异稳定性作为定义细胞身份基因的新度量。Cepo计算与差异稳定基因表达相关的细胞类型特定基因统计数据。

作者:Hani Jieun Kim [aut, cre]， Kevin Wang [aut]

维护者:Hani Jieun Kim < Hani。Kim127在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“Cepo”)

超文本标记语言	R脚本	scRNA-seq数据差分稳定性分析的Cepo方法
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文本		新闻

细节

biocViews	分类，DifferentialExpression，GeneExpression，测序，SingleCell，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	GSEABase， r (>= 4.1)
进口	DelayedMatrixStats，DelayedArray，HDF5Array，S4Vectors、方法、SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，ggplot2，rlanggrDevices,拼接而成，reshape2，BiocParallel统计数据,dplyr
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat，covr，UpSetR，嘘，scMerge，fgsea，逃避，pheatmap，拼接而成
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	scClassify
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	Cepo_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	Cepo_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Cepo_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Cepo_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Cepo
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Cepo
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Cepo/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Cepo/
软件包下载报告	下载数据