CNVrd2

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVrd2

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CNVrd2。

CNVrd2:读地方法来检测和基因型复杂从下一代测序数据常见的拷贝数变异。

Bioconductor版本:3.16

CNVrd2使用新一代测序数据来衡量人类基因拷贝数为多个样品,鉴定snp标记的拷贝数变异和检测拷贝数多态基因区域。

作者:黄平君Tan阮,托尼R梅里曼和麦克指标黑色

维护人员:黄平君Tan Nguyen < hoangtannguyenvn gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNVrd2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CNVrd2”)

PDF	R脚本	与knitr减价插曲
PDF		参考手册

细节

biocViews	集群。,CopyNumberVariation,报道,LinkageDisequilibrium,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 3.0.0)、方法VariantAnnotation、平行、rjags ggplot2 gridExtra
进口	DNAcopy,IRanges,Rsamtools
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hoangtn/CNVrd2
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNVrd2_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	CNVrd2_1.36.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CNVrd2_1.36.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CNVrd2_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVrd2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVrd2
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNVrd2/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVrd2/
包下载报告	下载数据