CNVfilteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVfilteR

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CNVfilteR

识别假阳性的CNV调用工具通过使用SNV调用

Bioconductor版本:3.16

CNVfilteR识别那些可以通过使用废弃的基因拷贝数异变单核苷酸变异(SNV)调用,通常获得共同的门店管道。

作者:何塞·马科斯Moreno-Cabrera (aut (cre),Bernat凝胶(aut)

维修工:何塞•马科斯Moreno-Cabrera < jpuntomarcos gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“CNVfilteR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNVfilteR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CNVfilteR”)

HTML R脚本 CNVfilteR装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariation,DNASeq,DataImport,测序,软件,可视化
版本 1.12.2
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 4.1)
进口 IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperimentpracma,地区为了,karyoploteR,CopyNumberPlots,图形,跑龙套,VariantAnnotation,Rsamtools,GenomeInfoDb,Biostrings、方法
链接
建议 knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR
BugReports https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 CNVfilteR_1.12.2.tar.gz
Windows二进制 CNVfilteR_1.12.2.zip
macOS二进制(x86_64) CNVfilteR_1.12.2.tgz
macOS二进制(arm64) CNVfilteR_1.12.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVfilteR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVfilteR
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CNVfilteR/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CNVfilteR/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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