CNVRanger

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVRanger

CNV范围的总结及表达/表型相关性

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CNVRanger软件包实现了CNV分析的综合工具套件。这包括在种群中总结单个CNV调用的功能，评估与功能基因组区域的重叠，以及与基因表达和定量表型的关联分析。

作者:Ludwig Geistlinger [aut, cre]， Vinicius Henrique da Silva [aut]， Marcel Ramos [ctb]， Levi Waldron [ctb]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CNVRanger”)

超文本标记语言	R脚本	CNV范围的总结与数量性状分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DifferentialExpression，GeneExpression，GenomeWideAssociation，GenomicVariation，微阵列，RNASeq，单核苷酸多态性，软件
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicRanges，RaggedExperiment
进口	BiocGenerics，BiocParallel，GDSArray，GenomeInfoDb，IRanges，S4Vectors，SNPRelate，SummarizedExperiment，data.table，刨边机，gdsfmtgrDevices,晶格，limma、方法、plyr，qqman，rappdirs，reshape2，统计，效用
链接
建议	AnnotationHub，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6.masked，BiocStyle，ComplexHeatmap，Gviz，MultiAssayExperiment，TCGAutils，curatedTCGAData，ensembldb、网格knitr，地区，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/CNVRanger/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CNVRanger_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	CNVRanger_1.14.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CNVRanger_1.14.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CNVRanger_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVRanger
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVRanger
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNVRanger/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVRanger/
软件包下载报告	下载数据