CIMICE

DOI:10.18129 / B9.bioc.CIMICE

CIMICE-R:(Markov)链法推断癌症进化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CIMICE是肿瘤系统发育领域的一个工具,其目标是建立一个马尔可夫链(称为癌症进展马尔可夫链,CPMC),以模拟肿瘤亚型的进化。CIMICE的输入是一个突变矩阵,即一个布尔矩阵,表示样本集合中改变的基因。假设这些样本是通过单细胞DNA分析技术获得的,该工具是专门编写用于CMPC构建的数据的特性。

作者:Nicolò Rossi [aut, cre](实验室。乌迪内大学数学、计算机科学与物理系计算生物学与生物信息学

维护者:Nicolò Rossi

引文(从R内,输入引用(“CIMICE”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CIMICE”)

超文本标记语言 R脚本 CIMICE-R:(Markov)链法推断癌症进化
超文本标记语言 R脚本 快速指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BiologicalQuestionGraphAndNetworkNetworkInference系统发生学ResearchFieldSingleCell软件StatisticalMethod技术
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于
进口 dplyrggplot2胶水tidyrigraphnetworkD3visNetworkggcorrplotpurrrggraph,统计,utils,maftools为了tidygraphexpm矩阵
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatwebshot
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/redsnic/CIMICE
BugReports https://github.com/redsnic/CIMICE/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CIMICE_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 CIMICE_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) CIMICE_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) CIMICE_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CIMICE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CIMICE
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CIMICE/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CIMICE/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网