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CIMICE
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DOI:10.18129 / B9.bioc.CIMICE
CIMICE-R:(Markov)链法推断癌症进化
Bioconductor版本:发行版(3.16)
CIMICE是肿瘤系统发育领域的一个工具，其目标是建立一个马尔可夫链(称为癌症进展马尔可夫链，CPMC)，以模拟肿瘤亚型的进化。CIMICE的输入是一个突变矩阵，即一个布尔矩阵，表示样本集合中改变的基因。假设这些样本是通过单细胞DNA分析技术获得的，该工具是专门编写用于CMPC构建的数据的特性。
作者:Nicolò Rossi [aut, cre](实验室。乌迪内大学数学、计算机科学与物理系计算生物学与生物信息学
维护者:Nicolò Rossi
引文(从R内，输入引用(“CIMICE”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“CIMICE”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | CIMICE-R:(Markov)链法推断癌症进化 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 快速指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | BiologicalQuestion，GraphAndNetwork，NetworkInference，系统发生学，ResearchField，SingleCell，软件，StatisticalMethod，技术 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | |
| 进口 | dplyr，ggplot2，胶水，tidyr，igraph，networkD3，visNetwork，ggcorrplot，purrr，ggraph，统计，utils，maftools，为了，tidygraph，expm，矩阵 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，webshot |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/redsnic/CIMICE |
| BugReports | https://github.com/redsnic/CIMICE/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | CIMICE_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | CIMICE_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | CIMICE_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | CIMICE_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CIMICE |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CIMICE |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/CIMICE/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CIMICE/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
