CBEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.CBEA

分类浓缩的竞争平衡分析R

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包实现CBEA,微生物的相对丰度的方法来执行基于集合的分析数据。这种方法构造一个分类单元之间的竞争平衡在每个样本集和剩余类群。更多细节可以发现阮et al . 2021 +的手稿。此外,这个包添加了支持功能,帮助用户执行taxa-set富集分析使用现有的基因分析方法。在未来我们希望还提供策划知识驱动的分类单元集。

作者:广阮(aut (cre)

维护人员:广阮< quangpmnguyen gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CBEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CBEA”)

HTML	R脚本	基本用法
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,GeneSetEnrichment,宏基因组,微生物组,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	BiocParallel,BiocSet,dplyr,lmom,fitdistrplus,magrittr、方法、mixtools,Rcpp(> = 1.0.7),统计数据,SummarizedExperiment,宠物猫,TreeSummarizedExperiment,tidyr,胶水,泛型,rlang,goftest
链接	Rcpp
建议	phyloseq,BiocStyle,covr,knitr,RefManageR,rmarkdown,sessioninfo,testthat(> = 3.0.0),tidyverse,roxygen2,米娅,purrr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/qpmnguyen/CBEAhttps://qpmnguyen.github.io/CBEA/
BugReports	https://github.com/qpmnguyen/CBEA//issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CBEA_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CBEA_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	CBEA_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CBEA_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CBEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CBEA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CBEA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CBEA/
包下载报告	下载数据