篮球选手

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEr

基因表达的分析笼(Cap分析)测序数据转录起始点的精确映射和promoterome挖掘

Bioconductor版本:版本(3.16)

笼测序数据的预处理,转录起始点的识别和正常化和下游转录起始点的分析集群(发起人)。

作者:Vanja Haberle (aut),查尔斯·普莱西(cre)一Baranasic[所有],Sarvesh Nikumbh(施)

维护人员:查尔斯·普莱西<查尔斯。普莱西在oist.jp >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“篮球选手”)

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HTML	R脚本	篮球选手:R包笼数据分析和promoterome挖掘
HTML	R脚本	使用笼资源与篮球选手
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细节

biocViews	聚类,FunctionalGenomics,GeneExpression,归一化,预处理,测序,软件,转录,可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(10年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,MultiAssayExperimentR (> = 4.1.0)
进口	BiocGenerics,BiocParallel,BSgenome,data.table,DelayedArray,DelayedMatrixStats,formula.tools,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges(> = 1.37.16),ggplot2(> = 2.2.0),gtools,IRanges(> = 2.18.0),KernSmooth,memoise,plyr,Rsamtools,reshape2,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.27.5),耶鲁大学管理学院,stringdist,stringi,SummarizedExperiment跑龙套,素食主义者,VGAM
链接
建议	BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,DESeq2,FANTOM3and4CAGE,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	seqPattern
我的链接
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CAGEr_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEr_2.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CAGEr_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CAGEr_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/篮球选手
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CAGEr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEr/
包下载报告	下载数据