CAGEfightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEfightR

利用Bioconductor对基因表达(CAGE)数据进行Cap分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CAGE是一种广泛使用的用于测量转录起始位点(TSS)活性的高通量测定方法。CAGEfightR是一个R/Bioconductor包，用于对CAGE和5'端数据执行广泛的常见数据分析任务。核心功能包括:导入CAGE TSS (CTSSs)、标签(或单向)聚类识别TSS、增强子识别双向聚类、转录本和基因模型标注、TSS和增强子表达相关性、TSS形状计算、CAGE表达作为表达矩阵的量化以及基因组浏览器可视化。

作者:Malte Thodberg

维护者:Malte Thodberg

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CAGEfightR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CAGEfightR”)

超文本标记语言	R脚本	介绍CAGEfightR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，报道，DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，GeneRegulation，GenomeBrowsers，归一化，PeakDetection，预处理，测序，软件，转录，转录组，可视化
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)，GenomicRanges(> = 1.30.1),rtracklayer(> = 1.38.2),SummarizedExperiment(> = 1.8.1)
进口	pryr(> = 0.1.3),为了(>= 0.2.0)，方法(>= 3.6.3)，矩阵-12年(> = 1.2),BiocGenerics(> = 0.24.0),S4Vectors(> = 0.16.0),IRanges(> = 2.12.0),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicFeatures(> = 1.29.11),GenomicAlignments(> = 1.22.1),BiocParallel(> = 1.12.0),GenomicFiles(> = 1.14.0),Gviz(> = 1.22.2),InteractionSet(> = 1.9.4),GenomicInteractions(> = 1.15.1)
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，org.Mm.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR
BugReports	https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR/issues
全靠我	CAGEWorkflow
进口我
建议我	纳米管
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CAGEfightR_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEfightR_1.18.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CAGEfightR_1.18.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CAGEfightR_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEfightR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CAGEfightR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CAGEfightR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEfightR/
软件包下载报告	下载数据