CAGEfightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEfightR

利用Bioconductor对基因表达(CAGE)数据进行Cap分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CAGE是一种广泛使用的用于测量转录起始位点(TSS)活性的高通量测定方法。CAGEfightR是一个R/Bioconductor包,用于对CAGE和5'端数据执行广泛的常见数据分析任务。核心功能包括:导入CAGE TSS (CTSSs)、标签(或单向)聚类识别TSS、增强子识别双向聚类、转录本和基因模型标注、TSS和增强子表达相关性、TSS形状计算、CAGE表达作为表达矩阵的量化以及基因组浏览器可视化。

作者:Malte Thodberg

维护者:Malte Thodberg

引文(从R内,输入引用(“CAGEfightR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CAGEfightR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CAGEfightR”)

超文本标记语言 R脚本 介绍CAGEfightR
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 注释报道DataImportDataRepresentationGeneExpressionGeneRegulationGenomeBrowsers归一化PeakDetection预处理测序软件转录转录组可视化
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 3.5),GenomicRanges(> = 1.30.1),rtracklayer(> = 1.38.2),SummarizedExperiment(> = 1.8.1)
进口 pryr(> = 0.1.3),为了(>= 0.2.0),方法(>= 3.6.3),矩阵-12年(> = 1.2),BiocGenerics(> = 0.24.0),S4Vectors(> = 0.16.0),IRanges(> = 2.12.0),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicFeatures(> = 1.29.11),GenomicAlignments(> = 1.22.1),BiocParallel(> = 1.12.0),GenomicFiles(> = 1.14.0),Gviz(> = 1.22.2),InteractionSet(> = 1.9.4),GenomicInteractions(> = 1.15.1)
链接
建议 knitrrmarkdownBiocStyleorg.Mm.eg.dbTxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR
BugReports https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR/issues
全靠我 CAGEWorkflow
进口我
建议我 纳米管
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CAGEfightR_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 CAGEfightR_1.18.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) CAGEfightR_1.18.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) CAGEfightR_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEfightR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CAGEfightR
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CAGEfightR/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEfightR/
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