BiocSingular

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocSingular

奇异值分解为Bioconductor包

Bioconductor版本:版本(3.16)

实现了精确和近似奇异值分解和主成分分析的方法,在一个框架内,让他们很容易切换Bioconductor包或工作流。在可能的情况下,并行处理是使用BiocParallel框架实现的。

作者:亚伦Lun (cre, aut cph]

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiocSingular”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiocSingular”)

HTML	R脚本	1。奇异值分解和主成分分析
HTML	R脚本	2。矩阵类
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文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction,PrincipalComponent,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	BiocGenerics,S4Vectors,矩阵、方法、跑龙套DelayedArray,BiocParallel,ScaledMatrix,irlba,rsvd,Rcpp,beachmat
链接	Rcpp,beachmat
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,ResidualMatrix
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/LTLA/BiocSingular
BugReports	https://github.com/LTLA/BiocSingular/issues
取决于我	compartmap
进口我	后面;,BayesSpace,clusterExperiment,DelayedTensor,恐龙,GSVA,miloR,mumosa,NanoMethViz,NewWave,PCAtools,嘘,scDblFinder,scMerge,食物,用水晶球占卜,单,伶盗龙
建议我	HCAData,ResidualMatrix,ScaledMatrix,spatialHeatmap,飞溅,“航行者”号
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiocSingular_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	BiocSingular_1.14.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	BiocSingular_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BiocSingular_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocSingular
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocSingular
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BiocSingular/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocSingular/
包下载报告	下载数据