BiocCheck

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocCheck

Bioconductor-specific包检查

Bioconductor版本:版本(3.16)

BiocCheck指导维护人员通过Bioconductor最好的元素。它运行Bioconductor-specific包检查通过搜索包代码例子,和小插曲。维护人员需要解决所有错误、警告和大多数笔记。

作者:Bioconductor包维护者(aut), Lori牧羊人(aut),丹尼尔·冯·Twisk[所有],凯文街(施),马塞尔•拉莫斯(aut (cre)列奥纳多·达·芬奇Collado-Torres[所有],费德里科•马里尼(施)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiocCheck”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiocCheck”)

HTML	R脚本	BiocCheck:确保Bioconductor方案的指导方针
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,软件
版本	1.34.2
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	biocViews(> = 1.33.7),BiocManager,stringdist,图,httr、工具、codetools、方法、跑龙套knitr
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,Biobase,jsonlite,rmarkdown,下载器,devtools(> = 1.4.1),usethis,BiocStyle,callr
SystemRequirements
增强了	codetoolsBioC
URL	https://github.com/Bioconductor/BiocCheck
BugReports	https://github.com/Bioconductor/BiocCheck/issues
取决于我
进口我	AnnotationHubData
建议我	GEOfastq,HMP16SData,HMP2Data,packFinder,preciseTAD,scpdata,SpectralTAD
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiocCheck_1.34.2.tar.gz
Windows二进制	BiocCheck_1.34.2.zip
macOS二进制(x86_64)	BiocCheck_1.34.2.tgz
macOS二进制(arm64)	BiocCheck_1.34.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocCheck
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocCheck
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BiocCheck/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocCheck/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.16源码包	源存档