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BadRegionFinder
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DOI:10.18129 / B9.bioc.BadRegionFinder
BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包，用于识别覆盖不良的区域
Bioconductor版本:发行版(3.16)
BadRegionFinder是一个包，用于在可用的bam文件中的序列对齐数据中识别坏的、可接受的和好的覆盖区域。整个基因组可以看作是一组目标区域。各种可视和文本类型的输出是可用的。
作者:Sarah Sandmann
维护者:Sarah Sandmann < Sarah。桑德曼在uni-muenster.de>
引文(从R内，输入引用(“BadRegionFinder”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“BadRegionFinder”)
| R脚本 | 使用BadRegionFinder | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐，分类，报道，测序，软件，WholeGenome |
| 版本 | 1.26.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年) |
| 许可证 | LGPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | VariantAnnotation，Rsamtools，biomaRt，GenomicRanges，S4Vectors， utils，统计，grDevices，图形 |
| 链接 | |
| 建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | BadRegionFinder_1.26.0.tar.gz |
| Windows二进制 | BadRegionFinder_1.26.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | BadRegionFinder_1.26.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | BadRegionFinder_1.26.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BadRegionFinder |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BadRegionFinder |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/BadRegionFinder/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BadRegionFinder/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
