BadRegionFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.BadRegionFinder

BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包,用于识别覆盖不良的区域

Bioconductor版本:发行版(3.16)

BadRegionFinder是一个包,用于在可用的bam文件中的序列对齐数据中识别坏的、可接受的和好的覆盖区域。整个基因组可以看作是一组目标区域。各种可视和文本类型的输出是可用的。

作者:Sarah Sandmann

维护者:Sarah Sandmann < Sarah。桑德曼在uni-muenster.de>

引文(从R内,输入引用(“BadRegionFinder”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BadRegionFinder”)

PDF R脚本 使用BadRegionFinder
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐分类报道测序软件WholeGenome
版本 1.26.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证 LGPL-3
取决于
进口 VariantAnnotationRsamtoolsbiomaRtGenomicRangesS4Vectors, utils,统计,grDevices,图形
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BadRegionFinder_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 BadRegionFinder_1.26.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) BadRegionFinder_1.26.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) BadRegionFinder_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BadRegionFinder
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BadRegionFinder
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BadRegionFinder/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BadRegionFinder/
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Bioconductor

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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网