AnnotationHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHub

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包为Bioconductor AnnotationHub web资源提供了一个客户端。AnnotationHub web资源提供了一个中心位置，可以发现基因组文件(例如，VCF，床，假发)和来自标准位置(例如，UCSC, Ensembl)的其他资源。资源包括关于每个资源的元数据，例如，文本描述、标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索到的文件的本地缓存，有助于快速和可重复的访问。

作者:Bioconductor Package Maintainer [cre]， Martin Morgan [aut]， Marc Carlson [ctb]， Dan Tenenbaum [ctb]， Sonali Arora [ctb]， Valerie Oberchain [ctb]， Kayla Morrell [ctb]， Lori Shepherd [aut]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内，输入引用(“AnnotationHub”))：

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“AnnotationHub”)

超文本标记语言	R脚本	注释枢纽:访问注释枢纽Web服务
超文本标记语言	R脚本	AnnotationHub: AnnotationHub HOW TO's
超文本标记语言	R脚本	解决集线器故障
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GUI，基础设施，软件，ThirdPartyClient
版本	3.6.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.15.10),BiocFileCache(> = 1.5.1)
进口	utils，方法，grDevices，RSQLite，BiocManager，BiocVersion，旋度，rappdirs，AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors，interactiveDisplayBase，httr，yaml，dplyr
链接
建议	IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，VariantAnnotation，Rsamtools，rtracklayer，BiocStyle，knitr，AnnotationForge，rBiopaxParser，RUnit，GenomicFeatures，MSnbase，mzR，Biostrings，SummarizedExperiment，ExperimentHub，gdsfmt，rmarkdown，HubPub
SystemRequirements
增强了	AnnotationHubData
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/AnnotationHub/issues
全靠我	adductomicsR，注释，AnnotationHubData，EpiTxDb.Hs.hg38，EpiTxDb.Mm.mm10，EpiTxDb.Sc.sacCer3，EuPathDB，ExperimentHub，GenomicState，hipathia，ipdDb，LRcell，MetaGxBreast，MetaGxOvarian，NestLink，octad，org.Mxanthus.db，PANTHER.db，phastCons30way.UCSC.hg38，phastCons35way.UCSC.mm39，phyloP35way.UCSC.mm39，rGenomeTracksData，测序，sesameData，synaptome.data，鞑靼，UCSCRepeatMasker
进口我	adductData，AHLRBaseDbs，AHMeSHDbs，AHPathbankDbs，AHPubMedDbs，AHWikipathwaysDbs，alpineData，alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，annotatr，atena，BioImageDbs，biscuiteerData，celldex，chipseqDBData，circRNAprofiler，coMethDMR，crisprScoreData，cTRAP，curatedMetagenomicData，curatedTBData，curatedTCGAData，customCMPdb，depmap，dmrseq，DropletTestFiles，easierData，ENmix，EpiCompare，EpiMix，epimutacions，FieldEffectCrc，FlowSorted.Blood.EPIC，FlowSorted.CordBloodCombined.450k，GenomicDistributionsData，GenomicScores，grasp2db，GSEABenchmarkeR，gwascat，HCAData，HiContactsData，HMP16SData，HMP2Data，iSEEhub，MACSr，mcsurvdata，MerfishData，网格，metaboliteIDmapping，MetaGxPancreas，MethReg，msigdb，MSnID，NxtIRFcore，食人魔，ontoProc，psichomics，pwOmics，regutools，REMP，restfulSE，RLHub，RLSeq，scanMiRApp，scAnnotatR，scmeth，scpdata，scRNAseq，scTensor，SFEData，SingleCellMultiModal，singleCellTK，spatialLIBD，SpliceWiz，synaptome.db，TabulaMurisSenisData，TCGAWorkflow，TENxBrainData，TENxBUSData，TENxPBMCData，肺结核，tximeta，Ularcirc
建议我	AHEnsDbs，BgeeCall，BioPlex，芝加哥，ChIPpeakAnno，CINdex，clusterProfiler，CNVRanger，可可，crisprViz，CTCF，DNAshapeR，dupRadar，埃尔默，ENCODExplorerData，ensembldb，epiNEM，EpiTxDb，epivizrChart，epivizrData，excluderanges，factR，GenomicRanges，Glimma，GOSemSim，gwascatData，HarmonizedTCGAData，微波激射器，MetaboAnnotation，米拉，MSnbase，multicrispr，nullranges，ontoProcData，OrganismDbi，plotgardener，recountmethylation，土星，TCGAbiolinks，TCGAutils，VariantAnnotation，xcore
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址在R会话中使用此包的说明。

源包	AnnotationHub_3.6.0.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHub_3.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	AnnotationHub_3.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	AnnotationHub_3.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationHub
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/AnnotationHub/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHub/
软件包下载报告	下载数据