铁砧

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnVIL

AnVIL计算环境上的Bioconductor

Bioconductor版本:发行版(3.16)

AnVIL是由美国国家人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)开发的云计算资源。AnVIL包提供了终端用户和开发人员的功能。对于最终用户，AnVIL提供了快速的二进制包安装，使用Terra / AnVIL表和数据资源的实用程序，以及方便的文件移动到谷歌云存储的功能。对于开发bob电竞体育官网人员，AnVIL提供了对Terra、Leonardo、Rawls、Dockstore和Gen3 RESTful编程接口的编程访问，包括将JSON响应转换为更易于在R中操作的格式的辅助函数。

作者:Martin Morgan [aut, cre]、Kayla Interdonato [aut]、Nitesh Turaga [aut]、BJ Stubbs [ctb]、Vincent Carey [ctb]、Marcel Ramos [ctb]、Sehyun Oh [ctb]、Sweta Gopaulakrishnan [ctb]、Valerie Obenchain [ctb]

维护者:Martin Morgan

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“砧”)

超文本标记语言	R脚本	用于AnVIL的Dockstore和Bioconductor
超文本标记语言	R脚本	AnVIL包的介绍
超文本标记语言	R脚本	在R中运行AnVIL工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，软件
版本	1.10.1
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6)，dplyr
进口	统计，效用，方法，futile.logger，jsonlite，httr，rapiclient(> = 0.1.3),宠物猫，tidyselect，tidyr，rlang，闪亮的，DT，miniUI，htmltools，BiocManager
链接
建议	平行,knitr，rmarkdown，testthat，withr，readr，BiocStyle，devtools
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	cBioPortalData，terraTCGAdata
进口我	AnVILPublish
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	AnVIL_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	AnVIL_1.10.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	AnVIL_1.10.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	AnVIL_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnVIL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AnVIL
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/AnVIL/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnVIL/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档