AUCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.AUCell

这是发展AUCell版本;稳定版请参见AUCell

AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如,识别具有特定基因签名的细胞)

Bioconductor版本:开发(3.16)

AUCell允许在单细胞RNA-seq数据中识别具有活性基因集(例如签名,基因模块…)的细胞。AUCell使用“曲线下面积”(AUC)来计算输入基因集的关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。所有细胞的AUC评分分布允许探索签名的相对表达。由于评分方法是基于排名的,AUCell是独立于基因表达单位和归一化过程。此外,由于单元格是单独评估的,它可以很容易地应用于更大的数据集,如果需要,可以细分表达式矩阵。

作者:Sara Aibar, Stein Aerts。计算生物学实验室“,”鲁汶大学脑和疾病研究中心。比利时鲁汶。

维护者:Sara Aibar < Sara。Aibar at kuleuven.vib.be>

引文(从R内,输入引用(“AUCell”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("AUCell")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“AUCell”)

超文本标记语言 R脚本 AUCell:识别基因活跃的细胞
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文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGeneSetEnrichment归一化SingleCell软件转录转录组WorkflowStep
版本 1.19.1
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证 GPL-3
取决于
进口 DelayedArrayDelayedMatrixStatsdata.table,图形,grDevices,GSEABase、方法、mixtoolsR.utils闪亮的统计数据,SummarizedExperimentBiocGenerics,跑龙套
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建议 BiobaseBiocStyledoSNOWdynamicTreeCutDTGEOqueryknitrNMFplyrR2HTMLrmarkdownreshape2情节rbokehRtsnetestthat动物园
SystemRequirements
增强了 doMCdoRNGdoParallelforeach
URL http://scenic.aertslab.org
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源包 AUCell_1.19.1.tar.gz
Windows二进制 AUCell_1.19.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) AUCell_1.19.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AUCell
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AUCell
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/AUCell/
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