AUCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.AUCell

这是发展AUCell版本;稳定版请参见AUCell．

AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如，识别具有特定基因签名的细胞)

Bioconductor版本:开发(3.16)

AUCell允许在单细胞RNA-seq数据中识别具有活性基因集(例如签名，基因模块…)的细胞。AUCell使用“曲线下面积”(AUC)来计算输入基因集的关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。所有细胞的AUC评分分布允许探索签名的相对表达。由于评分方法是基于排名的，AUCell是独立于基因表达单位和归一化过程。此外，由于单元格是单独评估的，它可以很容易地应用于更大的数据集，如果需要，可以细分表达式矩阵。

作者:Sara Aibar, Stein Aerts。计算生物学实验室“，”鲁汶大学脑和疾病研究中心。比利时鲁汶。

维护者:Sara Aibar < Sara。Aibar at kuleuven.vib.be>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("AUCell")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“AUCell”)

超文本标记语言	R脚本	AUCell:识别基因活跃的细胞
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，归一化，SingleCell，软件，转录，转录组，WorkflowStep
版本	1.19.1
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	DelayedArray，DelayedMatrixStats，data.table，图形，grDevices，GSEABase、方法、mixtools，R.utils，闪亮的统计数据,SummarizedExperiment，BiocGenerics,跑龙套
链接
建议	Biobase，BiocStyle，doSNOW，dynamicTreeCut，DT，GEOquery，knitr，NMF，plyr，R2HTML，rmarkdown，reshape2，情节，rbokeh，Rtsne，testthat，动物园
SystemRequirements
增强了	doMC，doRNG，doParallel，foreach
URL	http://scenic.aertslab.org
全靠我
进口我	RcisTarget
建议我	解耦
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	AUCell_1.19.1.tar.gz
Windows二进制	AUCell_1.19.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	AUCell_1.19.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AUCell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AUCell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AUCell/
软件包下载报告	下载数据