ADaCGH2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADaCGH2

大数据分析从aCGH实验中使用并行计算和ff对象

Bioconductor版本:版本(3.16)

全息阵列数据的分析和策划。允许使用循环二进制Segementation,小波平滑(如刘et al .,和HaarSeg Ben-Yaacov和灵族),嗯,BioHMM,欢喜,CGHseg。大多数计算并行化(通过分叉或集群,包括MPI和套接字集群)和使用ff来存储数据。

作者:雷蒙Diaz-Uriarte Rueda < < rdiaz02 gmail.com >和奥斯卡·m·埃达。om gmail.com >。小波aCGH平滑代码从李许< lih fhcrc.org >和道格拉斯格罗夫< dgrove fhcrc.org >。Imagemap代码从巴里Rowlingson < B。Rowlingson lancaster.ac.uk >。HaarSeg代码从Erez Ben-Yaacov;下载< http://www.ee.technion.ac.il/people/YoninaEldar/Info/software/HaarSeg.htm >。代码从ffbase由埃德温·德容< https://github.com/edwindj/ffbase > < edwindjonge gmail.com >, Jan Wijffels范德朗简。

维护人员:雷蒙Diaz-Uriarte < rdiaz02 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ADaCGH2”)

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文档

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browseVignettes (“ADaCGH2”)

PDF	R脚本	ADaCGH2概述
PDF		ADaCGH2-long-examples.pdf
PDF		benchmarks.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariants,微阵列,软件
版本	2.38.0
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(12年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(> = 3.2.0),并行,ff,很高兴
进口	位,DNAcopy,tilingArray,waveslim,集群,aCGH,snapCGH
链接
建议	CGHregions,开罗,limma
SystemRequirements
增强了	Rmpi
URL	https://github.com/rdiaz02/adacgh2
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ADaCGH2_2.38.0.tar.gz
Windows二进制	ADaCGH2_2.38.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ADaCGH2_2.38.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ADaCGH2_2.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADaCGH2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ADaCGH2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ADaCGH2/
包下载报告	下载数据