rnaseqGene

DOI:10.18129 / B9.bioc.rnaseqGene

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rnaseqGene。

RNA-seq工作流:能够探索性分析和微分表达式

Bioconductor版本:3.15

我们穿过一个端到端的能够RNA-seq微分表达式工作流使用Bioconductor包。我们将开始从FASTQ文件,显示这是对齐到参考基因组,并准备一个计算矩阵计算RNA-seq读取的数量/在每个基因片段为每个样本。我们将执行探索性数据分析(EDA)质量评估和探索样本之间的关系,执行差异基因表达分析,直观地探索结果。

作者:迈克尔·爱(aut (cre)

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rnaseqGene”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rnaseqGene”)

HTML

R脚本

RNA-seq工作流在基因水平

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.20.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),BiocStyle,气道(> = 1.5.3)更正,tximeta,magrittr,DESeq2,apeglm,vsn,dplyr,ggplot2,hexbin,pheatmap,RColorBrewer,PoiClaClu,glmpca,ggbeeswarm,genefilter,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,ReportingTools,Gviz,股东价值分析,RUVSeq,裂变
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqGene/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rnaseqGene_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqGene
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rnaseqGene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rnaseqGene/
包下载报告	下载数据