注释
DOI:10.18129 / B9.bioc.annotation
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅注释。
基因组注释资源
Bioconductor版本:3.15
注释Bioconductor项目的资源占很大一部分。还有一组不同的网络资源访问使用特定的包。这个介绍将描述这些资源中最受欢迎的和给一些高水平的例子如何使用它们。
作者:马克RJ卡尔森(aut), Herve页(aut), Sonali Arora (aut),瓦莱丽Obenchain (aut),马丁•摩根(aut) Bioconductor包维护者(cre)
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“注释”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“注释”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“注释”)
| HTML | R脚本 | 注释基因组范围 |
| HTML | R脚本 | 基因组注释资源 |
细节
| biocViews | AnnotationWorkflow,工作流 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.3.0),VariantAnnotation,AnnotationHub,Organism.dplyr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,Homo.sapiens,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,biomaRt,BSgenome,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/annotation/Annotation_Resources/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | annotation_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS二进制(x86_64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotation |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/注释 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/annotation/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
