GeoMxWorkflows

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeoMxWorkflows

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GeoMxWorkflows。

GeoMx数字空间剖析器(DSP)数据分析工作流

Bioconductor版本:3.15

工作流与NanoString技术用于GeoMx技术。包提供了利用现有bioconductor集中工作流包(例如GeomxTools)过程,质量控制和分析数据。

作者:杰森·里夫斯(cre, aut], Prajan Divakar (aut),妮可Ortogero (aut),麦迪格里斯沃尔德(aut)之杨(aut),斯蒂芬妮·齐默尔曼(aut),罗娜Vitancol (aut),亨德森(David (aut)

维修工:杰森·李维斯< jreeves nanostring.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GeoMxWorkflows”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GeoMxWorkflows”)

HTML	R脚本	分析与GeomxTools GeoMx-NGS数据
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,SpatialWorkflow,工作流
版本	1.2.0
许可证	麻省理工学院
取决于	R (> = 4.0),NanoStringNCTools,GeomxTools
进口	Biobase,S4Vectors,rjson,readxl,EnvStats,dplyr,reshape2统计数据、方法、跑龙套,data.table,离群值,BiocGenerics,ggplot2,ggrepel,ggforce,cowplot,尺度,umap,Rtsne,pheatmap,BiocStyle
链接
建议	rmarkdown,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeoMxWorkflows_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeoMxWorkflows
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeoMxWorkflows
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeoMxWorkflows/
包下载报告	下载数据