ExpHunterSuite

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExpHunterSuite

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ExpHunterSuite。

包的转录组数据的综合分析

Bioconductor版本:3.15

ExpHunterSuite实现一个全面的协议分析转录的数据使用了* R *包,结合他们的结果。它涵盖了所有关键步骤度检测,CEG RNA-seq数据检测和功能分析。它被实现为一个R包包含的函数可以交互式地运行。此外,它还包含脚本包的功能,可以直接从命令行运行。

作者:詹姆斯•珀金斯(aut (cre)佩德罗,Seoane Zonjic (aut)费尔南多·莫雷诺Jabato (aut)何塞•科尔多瓦骑士(aut),艾琳娜Rojano里韦拉(aut)Rocio包蒂斯塔•莫雷诺(aut)先生,冈萨洛克拉罗斯(aut)伊莎贝尔•冈萨雷斯Gayte (aut),胡安·安东尼奥·加西亚Ranea (aut)

维修工:詹姆斯·珀金斯< jimrperkins gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ExpHunterSuite”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ExpHunterSuite”)

HTML	R脚本	表达式猎人套件
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,工作流
版本	1.4.0
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	ReactomePA,limma,刨边机,NOISeq,biomaRt,topGO,clusterProfiler,diffcoexp,DT,ggplot2,stringr,WGCNA,dplyr,AnnotationDbi,BiocGenerics,enrichplot,rmarkdown统计数据,Biobase,DESeq2,ROCR,data.table,knitr,magrittr,SummarizedExperiment,miRBaseConverter,pbapplygrDevices,图形,跑龙套,BiocParallel,MKinfer,matrixStats,rlang,plyr,tidyr
链接
建议	optparse,PerformanceAnalytics,naivebayes,reshape2,移行细胞癌,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ExpHunterSuite_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpHunterSuite
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ExpHunterSuite
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ExpHunterSuite/
包下载报告	下载数据