motifcounter

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifcounter

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅motifcounter。

在DNA序列分析TFBSs R包

Bioconductor版本:3.15

motifcounter匹配提供了主题,主题数和主题浓缩功能基于位置频率矩阵。包的主要特征包括利用高阶背景模型和占self-overlapping主题匹配在确定主题浓缩。背景模型允许捕获二核苷酸(或高阶核苷酸)成分充分可以减少模型的偏差和误导的结果相比,使用简单的GC背景模型。当进行主题浓缩分析基于主题匹配计算,包依赖于复合泊松分布或者一个组合模型。这些分布占self-overlapping主题结构以repeat-like或复发的图案,并允许确定假定值和fold-enrichment一组观察到的主题匹配。

作者:沃尔夫冈·科普(aut (cre)

维护人员:沃尔夫冈•科普<沃尔夫冈。科普在mdc-berlin.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“motifcounter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“motifcounter”)

HTML	R脚本	介绍“motifcounter”包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MotifAnnotation,SequenceMatching,软件,转录
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.0)
进口	Biostrings、方法
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,MotifDb,seqLogo,prettydoc
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	motifcounter_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	motifcounter_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifcounter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ motifcounter
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifcounter/
包下载报告	下载数据