icetea

DOI:10.18129 / B9.bioc.icetea

此包适用于Bioconductor 3.15版;有关稳定的最新发布版本，请参见icetea．

Cap富集与转录本表达分析的集成

Bioconductor版本:3.15

icetea(将Cap富集与转录表达分析集成)提供了多种5'分析方法(如CAGE、RAMPAGE和MAPCap)的端到端分析功能，从原始读取开始，到使用重复检测转录起始位点。它还允许在各组样品之间进行差异TSS检测，因此，将mRNA帽富集信息与转录本表达分析集成在一起。

作者:Vivek Bhardwaj [aut, cre]

维护者:Vivek Bhardwaj

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“icetea”)

超文本标记语言	R脚本	用冰茶分析5'的转录谱数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录，转录组
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	统计，utils，方法，图形，grDevices，ggplot2，GenomicFeatures，ShortRead，BiocParallel，Biostrings，S4Vectors，Rsamtools，BiocGenerics，IRanges，GenomicAlignments，GenomicRanges，rtracklayer，SummarizedExperiment，VariantAnnotation，limma，刨边机，csaw，DESeq2，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene
链接
建议	knitr，rmarkdown，Rsubread(> = 1.29.0),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/vivekbhr/icetea
BugReports	https://github.com/vivekbhr/icetea/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	icetea_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	icetea_1.14.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	icetea_1.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/icetea
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/icetea
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/icetea/
软件包下载报告	下载数据