msigdb

DOI:10.18129 / B9.bioc.msigdb

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅msigdb。

分子的ExperimentHub包签名数据库(MSigDB)

Bioconductor版本:3.15

这个包提供了分子特征数据库(MSigDB) R可访问对象。签名都存储在GeneSet类对象形成GSEABase包和整个数据库存储在一个GeneSetCollection对象。这些数据然后ExperimentHub主持。数据在这个包中获得的MSigDB Broad研究所。每个基因集的元数据存储以及基因GeneSet类对象中设置。

作者:Dharmesh d Bhuva (aut (cre)戈登·k·史密斯(aut),亚历山德拉Garnham (aut)

维护人员:Dharmesh d Bhuva < Bhuva。d wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“msigdb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“msigdb”)

HTML	R脚本	msigdb
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,Homo_sapiens_Data,Mus_musculus_Data
版本	1.4.0
许可证	CC 4.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	ExperimentHub跑龙套,GSEABase,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,AnnotationDbi、方法、统计数据AnnotationHub
链接
建议	singscore,vissE,knitr,prettydoc,BiocStyle,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0),BiocFileCache,GO.db,stringr,limma
SystemRequirements
增强了
URL	https://davislaboratory.github.io/msigdb
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/msigdb/issues
取决于我
进口我	vissE
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	msigdb_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msigdb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msigdb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msigdb/
包下载报告	下载数据