HMP16SData

DOI:10.18129 / B9.bioc.HMP16SData

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HMP16SData。

从人类微生物组16 s rRNA测序数据项目

Bioconductor版本:3.15

HMP16SData是Bioconductor ExperimentData包人类微生物组的项目(HMP) 16 s rRNA测序数据变量地区1 - 3和3 - 5。原始数据文件提供的包从HMP下载数据分析和协调中心。处理过的数据是通过ExperimentHub SummarizedExperiment类对象。

作者:卢卡斯希弗(aut (cre)Rimsha Azhar (aut),马塞尔•拉莫斯(施),路德维希Geistlinger[所有],李维沃尔德伦(aut)

维护人员:卢卡斯希弗<希弗。卢卡斯在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HMP16SData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“HMP16SData”)

HTML	R脚本	HMP16SData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,Homo_sapiens_Data,MicrobiomeData,ReproducibleResearch,SequencingData
版本	1.16.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment
进口	AnnotationHub,ExperimentHub,S4Vectors,为了,dplyr,kableExtra,knitr,magrittr、方法、readr,stringr,宠物猫,跑龙套
链接
建议	Biobase,BiocCheck,BiocManager,BiocStyle,circlize,cowplot,dendextend,devtools,ggplot2,gridExtra,还,phyloseq,rmarkdown,roxygen2统计数据,testthat,tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/HMP16SData
BugReports	https://github.com/waldronlab/HMP16SData/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HMP16SData_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMP16SData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HMP16SData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HMP16SData/
包下载报告	下载数据