CSAW
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doi：10.18129/b9.bioc.csaw
用窗户分析的芯片序列分析
生物导体版本：版本（3.15）
通过滑动窗口检测芯片序列数据中的差异结合区域，并采用用于标准化和适当的FDR控制的方法。
作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Gordon Smyth [aut]
维护者：aaron lun
引用（从r内，输入引用（“ CSAW”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ CSAW”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ CSAW”）
| html | R脚本 | 介绍 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 注解，，，，chipseq，，，，覆盖范围，，，，差异词，，，，遗传学，，，，多重组合，，，，正常化，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.30.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（8年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.5.0），基因组机，，，，总结性特征 |
| 进口 | RCPP，，，，矩阵，，，，生物基因，，，，rsamtools，，，，EDGER，，，，林玛， 方法，S4VECTORS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，统计生物比较，，，，Metapod，UTILS |
| 链接 | Rhtslib，，，，Zlibbioc，，，，RCPP |
| 建议 | AnnotationDbi，，，，org.mm.eg.db，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，测试，，，，GenomicFeatures，，，，基因组签名，，，，尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，生物管理器 |
| 系统要求 | C ++ 11，GNU制作 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | CSAWBook |
| 进口我 | Diffhic，，，，Epigrahmm，，，，伸出，，，，格兰妮，，，，冰茶，，，，NADFINDER，，，，瓦肯 |
| 建议我 | chipseqdb |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | csaw_1.30.1.tar.gz |
| Windows二进制 | CSAW_1.30.1.ZIP（仅64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | CSAW_1.30.1.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/csaw |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/csaw/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.15的旧源软件包 | 来源存档 |
