# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk美元集(崩溃= TRUE,评论= " # > ",fig.path =“小插曲/数据/”,。宽度=“100%”)# # - - - - - eval = FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(# !requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“fedup”) # #——消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - devtools:: install_github (“rosscm / fedup”,安静= TRUE) # #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(fedup)库(dplyr)图书馆(tidyr)图书馆(ggplot2) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (geneDouble)数据(pathwaysGMT) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - str (geneDouble) str(头(pathwaysGMT)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fedupRes < - runFedup (geneDouble pathwaysGMT) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -设置< -“FASN_negative”打印(头(fedupRes[[设置]][这(fedupRes[[设置]]美元地位= =“丰富”),)))打印(头(fedupRes[[设置]][这(fedupRes[[设置]]美元地位= =“枯竭”),)))# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -设置< -“FASN_positive”打印(头(fedupRes[[设置]][这(fedupRes[[设置]]美元地位= =“丰富”),)))打印(头(fedupRes[[设置]][这(fedupRes[[设置]]美元地位= =“枯竭”),)))# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fedupPlot < - fedupRes % > % bind_rows (。id = "设置")% > %单独(col =“设置”,进入= c(“设置”、“标志”),9 =“_”)% > %的子集(qvalue < 0.05) % > %变异(log10qvalue = log10 (qvalue)) % > %变异(通路= gsub (“\ \ %。*”、“”,途径))% > % as.data.frame () # #——fedupDotPlot fig.width = 11, fig.height = 15.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p < plotDotPlot (df = fedupPlot xVar =“log10qvalue yVar =“通路”,xLab = " log10 (qvalue)”,fillVar = "标志",fillLab = "遗传相互作用”,fillCol = c (“# 6 d90ca”、“# F6EB13”), sizeVar = " fold_enrichment”, sizeLab = "褶皱浓缩”)+ facet_grid(“迹象”,鳞片=“免费”,空间=“免费”)+主题(strip.text。y = element_blank())打印(p) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - resultsFolder < - tempdir () writeFemap (fedupRes resultsFolder) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gmtFile <——tempfile (“pathwaysGMT”, fileext =“.gmt”) writePathways (pathwaysGMT gmtFile) # #——fedupEM_geneDouble, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # netFile < - tempfile (“fedupEM_geneDouble”, fileext = . png) # plotFemap (# gmtFile = gmtFile # resultsFolder = resultsFolder # qvalue = 0.05, # chartData =“DATA_SET”, # hideNodeLabels = TRUE, #网络名=“fedupEM_geneDouble”, # netFile = netFile #) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()