纱

DOI:10.18129 / B9.bioc.yarn

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅纱。

纱:健壮Multi-Condition RNA-Seq预处理和标准化

Bioconductor版本:3.15

加快大型RNA-Seq分析使用以前开发的组合工具。纱是为了方便用户在执行基本mis-annotation质量控制、过滤和condition-aware正常化。纱利用许多Bioconductor工具和统计技术占大型异构性和稀疏很大RNA-seq实验。

作者:约瑟夫·N保尔森(aut (cre) Cho-Yi陈(aut),卡米拉Lopes-Ramos (aut) Marieke Kuijjer (aut),约翰Platig (aut) Abhijeet Sonawane (aut),莫德Fagny (aut),金伯利玻璃(aut),约翰Quackenbush (aut)

维护人员:约瑟夫·保尔森N <保尔森。约瑟夫在gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“纱线”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“纱线”)

PDF	R脚本	纱:健壮Multi-Tissue RNA-Seq预处理和标准化
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,GeneExpression,归一化,预处理,质量控制,测序,软件,可视化
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase
进口	biomaRt,下载器,刨边机,gplots、图形、limma,matrixStats,preprocessCore,readr,RColorBrewer统计数据,quantro
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat(> = 0.8)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	netZooR
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	yarn_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	yarn_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	yarn_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/yarn
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/纱
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/yarn/
包下载报告	下载数据