伶盗龙

DOI:10.18129 / B9.bioc.velociraptor

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅伶盗龙。

单细胞的工具包速度

Bioconductor版本:3.15

这个包提供了RNA Bioconductor-friendly包装速度计算单细胞RNA-seq数据。我们使用的是蛇怪包管理Conda环境,和zellkonverter包SingleCellExperiment之间转换数据结构(R)和AnnData (Python)。速度的方法产生的信息存储在SingleCellExperiment类的各种组件。

作者:凯文Rue-Albrecht (aut (cre)亚伦Lun (aut),夏洛特Soneson (aut)迈克尔·施(aut)

维护人员:凯文Rue-Albrecht < kevinrue67 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“迅猛龙”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“迅猛龙”)

HTML	R脚本	用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,GeneExpression,测序,SingleCell,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法、统计数据矩阵,BiocGenerics,网状,S4Vectors,DelayedArray,蛇怪,zellkonverter,天窗,SingleCellExperiment,BiocParallel,BiocSingular
链接
建议	BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown,pkgdown,食物,嘘,scRNAseq,Rtsne、图形、grDevicesggplot2,cowplot,GGally,拼接而成,metR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/velociraptor
BugReports	https://github.com/kevinrue/velociraptor/issues
取决于我	OSCA.advanced
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	velociraptor_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	velociraptor_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	velociraptor_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/velociraptor
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/迅猛龙
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/velociraptor/
包下载报告	下载数据