standR

DOI:10.18129 / B9.bioc.standR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅standR。

空间转录组分析在R Nanostring DSP的数据

Bioconductor版本:3.15

standR是一个用户友好的R包提供的功能来帮助进行良好的实践分析Nanostring GeoMX DSP的数据。包中所有的功能是建立基于SpatialExperiment对象,允许集成到各种空间从Bioconductor transcriptomics-related包。standR允许数据检验、质量控制标准化、批量修正和评估信息可视化。

作者:刘宁(aut (cre),Dharmesh D Bhuva (aut)艾哈迈德穆罕默德(aut)

刘宁维护者:<刘。n在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“standR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“standR”)

HTML	R脚本	standR_introduction
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,ExperimentHubSoftware,GeneExpression,归一化,质量控制,软件,空间,转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	dplyr,SpatialExperiment(> = 1.5.2),SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,刨边机,rlang,readr,宠物猫,ggplot2,tidyr,ruv,limma,拼接而成,S4Vectors,Biobase,BiocGenericsgrDevices统计数据,方法,mclustcomp
链接
建议	knitr,ExperimentHub,rmarkdown,嘘,uwot,ggalluvial,ggpubr,ggrepel,集群,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DavisLaboratory/standR
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/standR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	standR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	standR_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	standR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/standR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ standR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/standR/
包下载报告	下载数据