spicyR

DOI:10.18129 / B9.bioc.spicyR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅spicyR。

原位血细胞计数数据的空间分析

Bioconductor版本:3.15

spicyR提供了一系列功能,以帮助您免疫荧光和血细胞计数成像质量数据的分析以及其他化验,可以深深表型个体细胞及其空间位置。

作者:尼古拉斯单丝绢丝(aut),埃利斯帕特里克(aut (cre)

维护人员:艾利斯帕特里克<埃利斯。帕特里克在sydney.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“spicyR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“spicyR”)

HTML	R脚本	介绍SegmentedCells
HTML	R脚本	介绍了辣
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays,SingleCell,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.1)
进口	ggplot2,concaveman,BiocParallel,spatstat.core,spatstat.geom,lmerTest,BiocGenerics,S4Vectors,lme4、方法、mgcv,pheatmap,rlanggrDevices,IRanges统计数据,data.table,dplyr,tidyr,骗局
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ellispatrick/spicyR/issues
取决于我
进口我	lisaClust
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	spicyR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	spicyR_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	spicyR_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spicyR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ spicyR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spicyR/
包下载报告	下载数据