spatialHeatmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.spatialHeatmap

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅spatialHeatmap。

spatialHeatmap

Bioconductor版本:3.15

spatialHeatmap包提供了可视化的功能细胞,组织,瀑特异性着色的生物化验的数据对应的空间特性中定义关键解剖图像数字显示颜色。

作者:张Jianhai (aut, trl cre),约旦海耶斯(aut)、张(aut),杨必应(aut),狼Frommer (aut),茱莉亚Bailey-Serres (aut),托马斯Girke (aut)

维护人员:张Jianhai < jzhan067 ucr.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“spatialHeatmap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“spatialHeatmap”)

HTML	R脚本	spatialHeatmap:可视化空间分析解剖图像和网络图
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,CellBasedAssays,CellBiology,聚类,DNASeq,DataRepresentation,GeneExpression,GeneTarget,GraphAndNetwork,微阵列,网络,测序,SingleCell,软件,空间,TissueMicroarray,可视化
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	av,BiocParallel,BiocFileCache,data.table,DESeq2,截然不同的,刨边机,WGCNA,flashClust,htmlwidgets,genefilter,ggplot2,ggdendro,grImport、网格gridExtra,gplots,igraph,HDF5Array,limma、方法、魔法,矩阵,rsvg,闪亮的,dynamicTreeCutgrDevices图形,ggplotify平行,情节,pROC,的方式,rappdirs,reshape2,嘘,天窗,食物统计数据,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,shinydashboard,S4Vectors跑龙套,visNetwork,UpSetR,xml2,yaml
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocSingular,RUnit,BiocGenerics,ExpressionAtlas,DT,Biobase,GEOquery,shinyWidgets,shinyjs,htmltools,shinyBS,可分类的
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jianhaizhang/spatialHeatmap
BugReports	https://github.com/jianhaizhang/spatialHeatmap/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	spatialHeatmap_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	spatialHeatmap_2.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	spatialHeatmap_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialHeatmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ spatialHeatmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatialHeatmap/
包下载报告	下载数据