芝麻
DOI:10.18129 / B9.bioc.sesame
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅芝麻。
明智的DNA甲基化BeadChips的步进式分析
Bioconductor版本:3.15
工具分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组。芝麻提供实用工具来支持分析多个代英飞纳姆DNA甲基化BeadChips,包括预处理、质量控制、可视化和推理。芝麻特性准确检测要求,智能推理种族、性别和先进的质量控制程序。
作者:周扫读(aut (cre) Wubin丁(施),大卫·戈德堡(施),伊桑•梅奥(施),布雷特·巴恩斯(施),盖Triche[所有],回族沈(aut)
维护人员:扫读周< zhouwanding gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“芝麻”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“芝麻”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“芝麻”)
| HTML | R脚本 | 0。基本用法 |
| HTML | R脚本 | 1。质量控制 |
| HTML | R脚本 | 2。非人类的数组 |
| HTML | R脚本 | 3所示。建模 |
| HTML | R脚本 | 4所示。数据推理 |
| HTML | R脚本 | 5。knowYourCG |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DNAMethylation,MethylationArray,预处理,质量控制,软件 |
| 版本 | 1.14.2 |
| Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(4年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.1),sesameData |
| 进口 | 图形,BiocParallel、跑龙套、方法stringr,readr,宠物猫,illuminaio,质量,wheatmap(> = 0.2.0),GenomicRanges,IRanges、网格preprocessCore,S4Vectors,ggplot2,BiocFileCache,GenomeInfoDb统计数据,SummarizedExperiment,dplyr,reshape2 |
| 链接 | |
| 建议 | 尺度,knitr,DNAcopy,e1071,randomForest,RPMM,rmarkdown,testthat,tidyr,BiocStyle,ggrepelgrDevices,朋友 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/zwdzwd/sesame |
| BugReports | https://github.com/zwdzwd/sesame/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | MethReg,TCGAbiolinksGUI |
| 建议我 | RnBeads,sesameData,TCGAbiolinks |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | sesame_1.14.2.tar.gz |
| Windows二进制 | sesame_1.14.2.zip(64位) |
| macOS二进制(x86_64) | sesame_1.14.2.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sesame |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/芝麻 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/sesame/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
