scmeth

DOI:10.18129 / B9.bioc.scmeth

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scmeth。

函数来进行质量控制分析甲基化数据

Bioconductor版本:3.15

函数来分析甲基化数据可以在这里找到。一些功能相关的单个细胞甲基化数据但大多数其他功能可以用于任何甲基化数据。强调这个工作流是全面质量控制报告。

作者:Divy Kangeyan < divyswar01 g.harvard.edu >

维护人员:Divy Kangeyan < divyswar01 g.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scmeth”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scmeth”)

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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,ImmunoOncology,预处理,质量控制,SingleCell,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	knitr,rmarkdown,bsseq,AnnotationHub,GenomicRanges,reshape2,统计,跑龙套,BSgenome,DelayedArray(> = 0.5.15),annotatr,SummarizedExperiment(> = 1.5.6),GenomeInfoDb,Biostrings,DT,HDF5Array(> = 1.7.5)
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,org.Hs.eg.db,Biobase,BiocGenerics,ggplot2,ggthemes
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/aryeelab/scmeth/issues
取决于我
进口我
建议我	biscuiteer
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scmeth_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	scmeth_1.16.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	scmeth_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmeth
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scmeth
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scmeth/
包下载报告	下载数据