sccomp

DOI:10.18129 / B9.bioc.sccomp

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅sccomp。

健壮的Outlier-aware估计为单细胞数据组成和异质性

Bioconductor版本:3.15

一个健壮的和outlier-aware方法测试从单细胞数据微分组织组成。这个模型可以推断出组织成分和异质性的变化,和能产生真实的数据模拟基于任何现有的数据集。这个模型还可以把知识从一个大组集成的数据集,可以进一步提高精度。

作者:斯特凡诺Mangiola (aut (cre)

维护人员:斯特凡诺Mangiola < mangiolastefano gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“sccomp”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	sccomp包的概述
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	方法,Rcpp(> = 0.12.0),RcppParallel(> = 5.0.1),rstantools(> = 2.1.1)rstan(> = 2.18.1),SeuratObject,SingleCellExperiment平行,dplyr,tidyr,purrr,magrittr,rlang,宠物猫,引导,生命周期统计数据,tidyselect跑龙套,ggplot2,ggrepel,拼接而成,forcats,readr,尺度,stringr
链接	黑洞(> = 1.66.0),Rcpp(> = 0.12.0),RcppEigen(> = 0.3.3.3.0),RcppParallel(> = 5.0.1),rstan(> = 2.18.1),StanHeaders(> = 2.18.0)
建议	BiocStyle,testthat(> = 3.0.0),减价,ggplot2,knitr,tidyseurat,tidySingleCellExperiment
SystemRequirements	GNU使
增强了	furrr,extraDistr
URL	https://github.com/stemangiola/sccomp
BugReports	https://github.com/stemangiola/sccomp/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sccomp_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	sccomp_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	sccomp_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sccomp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sccomp
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sccomp/
包下载报告	下载数据