scGPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.scGPS

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scGPS。

完整的单细胞分析亚种群,从确定亚种群分析他们的关系(scGPS =全球预测单个细胞亚群)

Bioconductor版本:3.15

包实现两个主要算法来回答两个关键问题:一个分数(稳定的集群在最佳分辨率)找到亚种群,其次是scGPS调查亚种群之间的关系。

作者:全阮(aut (cre),迈克尔·汤普森(aut)安妮Senabouth (aut)

维护人员:全阮<全。阮在uq.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scGPS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“scGPS”)

HTML	R脚本	单细胞全球命运的潜力的亚种
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,报道,DataImport,测序,SingleCell,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6),SummarizedExperiment,dynamicTreeCut,SingleCellExperiment
进口	glmnet(> 2.0),脱字符号(> = 6.0),ggplot2(> = 2.2.1),fastcluster,dplyr,Rcpp,RcppArmadillo,RcppParallelgrDevices图形,统计,跑龙套,DESeq2,locfit
链接	Rcpp,RcppArmadillo,RcppParallel
建议	矩阵(> = 1.2),testthat,knitr平行,rmarkdown,RColorBrewer,ReactomePA,clusterProfiler,cowplot,org.Hs.eg.db,reshape2,xlsx,dendextend,networkD3,Rtsne,BiocParallel,e1071,WGCNA,devtools,剂量
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
BugReports	https://github.com/IMB-Computational-Genomics-Lab/scGPS/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scGPS_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	scGPS_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scGPS_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scGPS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scGPS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scGPS/
包下载报告	下载数据